En compagnie de Sasuke et de Sakura, Naruto, le pire garnement de l'école des ninjas du village caché de Konoha, poursuit son apprentissage.

L'épreuve principale de l'examen de sélection des ninjas de "moyenne classe" est sur le point de débuter. Neji et Naruto ouvrent les hostilités. "La fine fleur de Konoha contre le cancre" ?! Naruto se rue à l'assaut de son adversaire, "le prodige à la marque maudite". C'est maintenant que tout se décide !!

Il est de retour!! Sasuke réapparaît dans l'arène. Il affronte Gaara au cours d'un combat qui ne peut pas être comme les autres. La vitesse fulgurante de Sasuke lui permettra-t-elle d'échapper à la folie meurtrière de son adversaire?

Hokage le troisième affronte Orochimaru dans une sphère magique qui les isole du reste du monde. Le malfaisant conspirateur n'hésite pas à employer un sort secret de nécromancie pour tenter de venir à bout du vieux combattant! Alors que Naruto et ses compagnons sont à la poursuite de Sasuke et de Gaara, ils sont, à leur tour, pris en chasse par les assassins d'Orochimaru!!

Gaara se transforme en une hideuse créature sous les yeux de Sasuke, qui l'affronte avec détermination et emploie la technique secrète des "mille oiseaux"! Mais, tout à coup, voilà que Sasuke s'écroule, terrassé par le pouvoir de la marque maudite!! Naruto et ses compagnons arrivent enfin pour le tirer de ce mauvais pas tandis que Gaara n'en finit plus de se métamorphoser!!

Pour sauver ceux qu'il aime, Naruto, en très mauvaise posture, porte une attaque dévastatrice à Gaara!! Après avoir atteint des sommets de violence, le combat à mort entre Orochimaru et Hokage arrive à son dénouement !! Alors que l'assaut sur Konoha se termine, deux sinistres personnages s'approchent du village de nos compagnons.